La historia escrita del Estudio de la Ictiología se remonta en el tiempo, de hecho coincide con la Zoología, que establece su nacimiento con Aristóteles, alrededor de 384-322 a de C. El propio Aristóteles tenía un conocimiento bastante exacto de las estructuras generales del pez. De hecho, los distinguió correctamente de los mamíferos acuáticos y de otros organismos marinos. Describió las migraciones de las anguilas y diferentes cetáceos y peces. Su único error claro fue el uso de nombres locales que recopiló de los pescadores y éstos cambian de generación en generación. En el extremo él recogió la información sobre 115 especies que viven en el Mar Egeo.
En los aproximadamente 1800 años que siguieron a Aristóteles prevalecieron sus métodos. Los primeros trabajos reales de observación comenzaron alrededor de 1517-1575 con Pierre Belon y algunos otros. Sus observaciones de peces y publicaciones se limitaron casi completamente a las especies del Mar Mediterráneo.
En 1628 dos hombres, John Ray y Francis Willoughby hicieron el primer intento real de clasificación, agrupando a los peces en base a su estructura. F. Willoughby, en 1686 en su obra "Historia Piscium", describe 420 especies, dividiendo a los peces en dos grupos, cartilaginosos y óseos.
El sueco Peter Artedi 1705-1735 es conocido como el padre de Ictiología. Este hombre tenía una comprensión misteriosa de las relaciones de las especies y conceptos de los grupos sobre las especies. Sus papeles se publicaron después de su muerte en 1778 como "Ichthyology".
Estos dos científicos son los que más influyen en Linnaeus; su monumental obra "Systema Naturae" (1758) marca el punto de partida de la nomenclatura zoológica y además sugiere la formación del sistema binomial para la designación de las diferentes especies, también estableció las categorías de especie, género y clase.
Posteriormente, varios científicos basándose sólo en caracteres externos se dedican a la clasificación de peces, tales como Bloch (1519 especies) y Lacepède (1463 especies). Más tarde aparecen los anatomistas como Cuvier y Valenciennes quienes entre 1828 y 1849 describen hasta 4500 especies. Agassizz, es el primer paleontólogo que investiga en 1833 los peces fósiles, clasificándolos según el tipo de escamas en placoideos, ganoideos, cicloideos y ctenoideos. Muller, en 1844 establece las categoría de los peces pulmonados, fisóstomos y fisoclistos, además divide los ganoideos en Chondrosteos y Holosteos.
En 1859, Charles Darwin con su obra "El origen de las especies" revoluciona todas las clasificaciones establecidas hasta la fecha, y los científicos posteriores a él van a establecer las relaciones entre las especies basándose en relaciones filogénicas. Esta clasificación es vertical y se basa en el estudio de cada uno de los caracteres que establecen un parentesco con un solo individuo original.
Haechel (1866) fue el primero en establecer el árbol filogénico. Cope (1871) crea tres grupos: Actinopteria (Ganoideos y Teleósteos), Dipneusti y Crossopterygii. Gill (1892) basándose en la clasificación de Cope, crea varios órdenes para los teleósteos: Haplomi, Irumi, Heteromi, Xenomi, Pediculata y crea Teleostomi, donde agrupa Dipneusti, Ganoides y Teleostei. Berg (1940) establece tres grandes clases: Agnatha, Chondrichthyes y Osteichthyes. Jarvik (1968) introduce otras categorías como Clase, Subclase, Cohorte, División, Superorden, Serie y Orden.
Actualmente, la clasificación más seguida es la dada por Nelson (1994):
Phylum Chordata
Subphylum Vertebrata
Superclase Agnatha
Clase Pterasdimorphi
Orden Arandaspidiformes*
Pteraspidiformes* (Heterostraci)
Thelodontiformes*
(Clase Myxini, Orden Myxiniformes)
Clase Cephalaspidomorphi (Monorhina)
Orden Cephalaspidiformes* (Osteostraci)
Anaspidiformes*
Galeaspidiformes*
Petromyzontiformes (modernas Lampreas)
Superclase Gnathostomata
Clase Placodermi
Orden Arthrodiriformes*
Antiarchiformes*
Ptyctodontiformes*
Grado Teleostomi
Clase Acanthodii*
Clase Sarcopterygii
Subclase Coelacanthimorpha (Celacantos)
Sub (o infra)clase Dipnoi (Peces pulmonados)
Subclase Osteolepimorpha* (Ripidistios)
Clase Actinopterygii
Subclase Chondrostei
Orden Paleonisciformes*
Polypteriformes
Acipenseriformes
Subclase Neopterygii
Orden Semionotiformes
Orden Amiiformes
División Teleostei (Peces óseos modernos)
*Grupos extinguidos
